一、由原來易吸咐在容器表面的斜方晶系晶體，變成不易吸附的三斜晶系的針裝晶體，從而在管壁上無法結垢，達到防垢的目的。由于水分子在磁場、電場的作用下減弱了垢鹽離子的結合，使垢鹽離子形成開垢表面，成為水合離子進入水中，使受熱爐壁、管壁上原來的水垢逐漸軟化、疏松、自行脫落，起到除垢的作用。水中的細菌、藻類細胞因高頻電磁場、電場的作用，使細胞內原生質產生電離，影響細胞的正常代謝，導致菌藻死亡，起到殺菌、滅藻的作用。

二、電子除垢儀處于工作狀態時，水流由進水口進入儀器內部，在高頻電磁場作用下，改變水的團鏈大分子結構，水分子的電子處于高能狀態，導致水分子電子電位下降，使水中鹽類離子及帶電粒子間靜電引力減弱，難以相聚集。水分子與器壁間電位差減少，各鹽類離子趨于分散，不向器壁聚集。形成電磁極化水，這種水流經受熱體時，形成針狀結晶，成為松軟、沙狀軟垢，便于沉淀，不易板結于受熱面，可隨水流動，通過排污渠道順利排出，防止新垢產生。電磁極化水滲透性和偶極距增大可浸潤老垢，使之龜裂，脫落，可除去老垢。

電子除垢儀水在靜電場作用下，水分子受到極化、水偶極子極性增強，這使得它與水中的陰、陽離子作用增大，使得水中陰陽離子分別被水偶極子包圍，包圍后的各離子接觸器壁的機會減少，總體來說各離子與器壁間的距離增大，根據庫侖定律，作用力與距離的平方成反比，從而各離子與器壁間的引力變小，因此不易靠近器壁，同時被水偶極子包圍的陰、陽離子不能在水中自由流動，有效碰撞機會減少，不易產生化學結合，即可防止水垢生成。